Išči

    ChEBI

    ChEBI
    Vsebina
    OpisKemijska podatkovna zbirka
    Tipi zajetih
    podatkov
    Chemical Entities of Biological Interest
    Kontakt
    Raziskovalni centerEuropean Molecular Biology Laboratory
    LaboratorijZastava Združenega kraljestva European Bioinformatics Institute
    Glavni citat[1]
    Dostop
    Spletna stranChEBI
    URL za prenosDownloads
    Web service URLWeb Service
    Sparql dostopna točkaBIO2RDF
    Orodja
    WebChEBI Website
    Razno
    obnavljanje
    podatkov
    mesečno
    stališče do kuratiranjaManually curated

    Biološko pomembne kemijske entitete (iz angleškega Chemical Entities of Biological Interest)[2][3] je zbirka podatkov in ontologij molekularnih entitet, osredotočena predvsem na »majhne« kemijske spojine.

    Izraz »molekularna entiteta« zajema »vse atome in njihove izotope, molekule, ione, ionske pare, radikale, radikalske ione, komplekse, konformacije itd., ki so prepoznavni kot samostojni subjekti«.[4] Molekularne entitete so bodisi naravni ali sintetični produkti, ki imajo potencialno biološko aktivnost. Gensko kodirane molekule, kot so nukleinske kisline, proteini in peptidi, ki nastajajo s proteolizo, se praviloma ne vnašajo v ChEBI.

    Področje uporabe in dostopnost

    Vsi podatki v zbirki so nezaščiteni ali pridobljeni iz nezaščitenih virov in zato dostopni vsakomur preko javnega spletnega vmesnika. Vsi podatki so popolnoma sledljivi in se izrecno sklicujejo na vir.

    Slici

    1. de Matos P, Alcántara R, Dekker A, Ennis M, Hastings J, Haug K, Spiteri I, Turner S, Steinbeck C (January 2010). "Chemical Entities of Biological Interest: an update". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D249-54. doi:10.1093/nar/gkp886. PMC 2808869. PMID 19854951.
    2. P. De Matos, R. Alcantara, A. Dekker, M. Ennis, J. Hastings, K. Haug, I. Spiteri, S. Turner, C. Steinbeck (2009). Chemical Entities of Biological Interest: An update. Nucleic Acids Research 38: D249–54. DOI: 10.1093/nar/gkp886.PMID 19854951.
    3. K. Degtyarenko, P. De Matos, M. Ennis, J. Hastings, M. Zbinden, A. McNaught, R. Alcantara, M. Darsow in drugi (2007). ChEBI: A database and ontology for chemical entities of biological interest. Nucleic Acids Research 36: D344–50. doi:10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832. PMID 17932057.
    4. molecular entity. IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2. izdaja, 1997.

    Zunanje povezave